发的报复。

后来日本进入南北朝的动乱状态，倭寇的活动也由于政府管制力减弱而加剧。由于前期倭寇对于日本与明朝、高丽贸易造成破坏，初成立的明朝政府对日本南朝发出讨伐倭寇的要求，随后敕封讨寇有功的南朝将军“日本国王”的称号。之后北朝室町幕府在南北朝合一后，由室町幕府将军足利义满再度进行讨伐，随后受封为新的“日本国王”。李氏朝鲜的开国君主李成桂因为讨伐倭寇有功得到很大的声望和势力，后来进行政变取代高丽王朝建立朝鲜王朝。之后随著明朝与日本间勘合贸易的盛行，以及对马岛与朝鲜之间的贸易开放，前期倭寇也逐渐式微。

前期的倭寇，是以日本人为主体，故被称为“真倭”（以平户藩松浦家为核心）。

后期倭寇

明成祖发动叛乱，夺取政权，迁都北京后，据说建文皇帝在南方的残余势力与日本海贼合作，在中国东南沿海进行报复性侵扰，由于这些南方人体型上也比北方人矮小，所以沿用“倭寇”这名词来称呼由日本人与南方中国人所组成的海盗集团。

明成祖晚年，由于陆上北方威胁为除，南方郑和下西洋以后，激增的海陆来往也带来了渐盛的倭寇侵扰，遂实行海禁政策，只开放勘合贸易(官方贸易)，但后来到了嘉靖二年(西元1523年)爆发了宁波之乱，加上稍早时，葡萄牙人入侵发生了屯门海战与西草湾之战，此后沿海治安多次陷入危机，明朝遂宣布中断一切贸易，期望以围堵的政策来减轻倭寇的威胁，但也断绝许多自唐朝以来整个贸易产业链相关从业人员（鱼业、手工业、造船业、贸易）的生计，致使贸易地下化，商业纠纷无从解决，遂转成武力报复，倭寇之乱不减反增，造成了嘉靖倭乱。

后来的发展上，明人王直扮演了很重要的角色，王直曾上书朝廷请求开海禁，被拒绝后，把基地设在日本的平户藩，以反对明朝海禁政策的南方中国人为基础，与日本人、佛朗机人合作进行走私，在后期倭寇中，很为知名。胡宗宪与戚继光曾参与讨伐倭寇的军事行动。

15世纪半至16世纪，其活动舞台为中国沿岸、东南亚方面，成员以中国人及朝鲜人为主，被称为“假倭”。此时期倭寇发生的主要原因是明代中国的生产力增加，但却施行海禁政策。史书所见的最后倭寇，在1624年7月侵犯福建沿海。“推其祸始，乃由闽、浙沿海奸民与倭为市；而闽浙大姓没其利，阴为主持，牵连以成俗。当时抚臣朱纨欲绝祸本，严海禁；大家不利，连为蜚语中之，而纨惊死矣。纨死
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